高职院校专业治理现代化是高职教育治理现代化的核心要件与现实基础。从生态学视域研究高职院校专业治理现代化,不仅可以塑造有系统思维的现代化高职院校专业治理主体,还承担着营造健康的专业治理现代化外部环境与促进高职院校专业治理现代化系统内专业交叉合作的作用。但是,生态学视域下的高职院校专业治理也存在诸多困局,如高职院校隐性专业断裂、高职院校专业发展动力的流失以及高职院校专业建设的闭环状态。为此,需构建高职院校专业治理共生创新模型,并通过促进高职院校专业治理物质循环、加快高职院校专业治理能量流动以及强化高职院校专业治理信息传递通道等途径,加大专业生态系统建设。